مجلس وزراء الإتحاد هو الهيئة التنفيذية للإتحاد ويتولى تحت الرقابة العليا لرئيس الإتحاد وللمجلس الأعلى تصريف جميع الشؤون الداخلية والخارجية التي يختص بها الإتحاد بموجب دستوره والقوانين الإتحادية. ويتكون مجلس الوزراء من رئيس المجلس ونائبيه والوزراء ويقوم بأمانة السر فيه الأمين العام لمجلس الوزراء.